Pada tahun 2000, Institut Teknologi Nasional (ITN) Malang membuka Program Pascasarjana (S2) Magister Teknik berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (Dirjen DIKTI) No. 75/Dikti/Kep/2000 dengan dua Program Studi yaitu : Program Studi Teknik Industri Konsentrasi Manajemen Industri dan Program Studi Teknik Sipil Konsentrasi Manajemen Konstruksi dan pada tahun 2009 membuka Konsentrasi Manajemen Sumber Daya Air pada Program Studi Teknik Sipil.

Pada tahun 2002 untuk pertama kalinya, Program Pascasarjana meluluskan 4 orang Magister Teknik dari Program Studi Teknik Industri, Konsentrasi Manajemen Industri dan 1 orang Magister Teknik dari Program Studi Teknik Sipil, Konsentrasi Manajemen Konstruksi. Hingga tahun 2008 Program Pascasarjana ITN Malang telah meluluskan sebanyak 86 Magister Teknik.